2026/10/30

在庫の数え方ひとつで税金が変わる理由と、決算前に合法的に税負担を減らす評価損・廃棄損の実務

「棚卸しって、在庫を数えるだけの作業でしょう？」「毎年なんとなく前年と同じくらいの金額にしている」「倉庫の奥の売れ残り、どうしたらいいのか分からない」

12月決算の会社や個人事業主の方にとって、年末は1年でいちばん慌ただしい時期です。その中で後回しにされがちなのが「棚卸し」です。しかし実は、棚卸しは会社の利益と税金を直接決める、決算でいちばん大切な作業の一つです。数え漏れがあれば税務調査で必ず指摘され、反対に正しく処理すれば、売れ残りの在庫で合法的に税金を減らすこともできます。

この記事では、棚卸しがなぜ税金に関係するのか、在庫の金額の決め方、税務調査で見られるポイント、そして売れ残りや不良在庫を使って正しく税負担を減らす方法を、はじめての方でも一読で分かるように解説します。年末年始に棚卸し作業を行う場合の、残業代やアルバイトの手続きといった労務面の注意点もあわせて整理します。

【この記事の結論】 ① 在庫が多いほど利益が増え、税金も増えます。だからこそ在庫の数え漏れや金額の操作は、税務調査で最も厳しく見られるポイントです。 ② 税金を減らしたいなら「在庫を少なく書く」のではなく「売れない在庫を正しく処分・評価する」こと。廃棄や評価損は、証拠を残せば合法的に経費になります。 ③ 年末年始の棚卸し作業は、残業代・休日出勤手当やアルバイトの手続きにも注意が必要です。税金と労務の両面で準備しておきましょう。

棚卸しとは？なぜ在庫を数えると税金が変わるのか

結論から言うと、棚卸しで数えた「期末の在庫」の金額が、その年の利益を決めます。在庫が多ければ利益が増え、少なければ利益が減る、というのが基本の仕組みです。

棚卸しとは、決算日に会社や店に残っている商品・材料・製品などの在庫を実際に数え、その金額を確定させる作業のことです。数えた在庫は「棚卸資産」と呼ばれます。

棚卸資産とは、販売するため、または製品を作るために持っている商品・製品・材料・作りかけの品物（仕掛品）などのことです。

リンゴ屋さんで考える「売上原価」の仕組み

リンゴ屋さんで考えてみましょう。年の初めに倉庫にリンゴが10万円分あり、1年間で100万円分を仕入れました。年末に数えたら、20万円分が売れ残っていました。この場合、1年間に実際に売れたリンゴの仕入れ値（売上原価）は、10万円＋100万円－20万円＝90万円です。

売上原価とは、その年に売れた商品の仕入れ値の合計のことです。計算式は「期首の在庫＋1年間の仕入れ－期末の在庫」です。

ここで、年末の在庫を20万円ではなく10万円と少なく数えてしまうと、売上原価は100万円になり、利益が10万円少なく計算されます。つまり、在庫を少なく書くと、その分だけ税金が少なくなってしまうのです。だからこそ税務署は、在庫の金額を非常に注意深く確認します。

期末在庫の金額	売上原価	利益	税金
正しく数えた（20万円）	90万円	正しい金額	正しい金額
少なく数えた（10万円）	100万円（10万円増）	10万円少ない	本来より少ない（申告漏れ）
多く数えた（30万円）	80万円（10万円減）	10万円多い	本来より多い（払いすぎ）

[画像指示：「期首在庫＋当期仕入れ－期末在庫＝売上原価」を、リンゴの箱が倉庫に出入りする様子で示した図解イラスト / キャプション：期末の在庫を少なく数えるほど利益が小さくなる仕組みのため、税務署は在庫を重点的に確認します]

在庫の金額はどう決める？「評価方法」の基本

結論として、届出をしていない会社や個人事業主は、原則として「最終仕入原価法」で在庫の金額を計算します。数量だけでなく、1個あたりの単価の決め方も税金に影響します。

棚卸資産の評価方法とは、数えた在庫に「1個あたりいくら」の単価を付けるためのルールのことです。同じ商品でも、仕入れた時期によって仕入れ値が違うため、どの単価を使うかを決めておく必要があります。

何も届け出ていなければ「最終仕入原価法」

最終仕入原価法とは、その年の最後に仕入れたときの単価で、期末の在庫全体の金額を計算する方法のことです。税務署に評価方法を届け出ていない場合は、法人も個人事業主もこの方法で計算することになっています。計算が簡単なため、多くの中小企業がこの方法を使っています。

「低価法」を選べば値下がり分を経費にできる

低価法とは、在庫の仕入れ値（原価）と、決算日の時価を比べて、低い方の金額で在庫を評価する方法のことです。仕入れ値より時価が下がっていれば、その差額が自動的に経費になります。

ただし、低価法を使うには事前に税務署への届出が必要です。法人の場合、設立1期目は最初の確定申告の期限までに届け出ます。すでに別の方法を使っている場合は、変更したい事業年度が始まる日の前日までに承認申請が必要です。個人事業主は、青色申告をしている人だけが低価法を選べます。

評価方法	計算の考え方	向いている会社	手続き
最終仕入原価法	最後に仕入れた単価で全体を計算	仕入れ値の変動が小さい会社	届出不要（原則の方法）
低価法	原価と時価の低い方で計算	値下がりしやすい商品が多い会社	事前の届出・承認申請が必要
個別法	1個ずつ実際の仕入れ値で計算	不動産・宝石・自動車など高額な一点物	事前の届出が必要
総平均法など	一定期間の平均単価で計算	大量の同じ商品を扱う会社	事前の届出が必要

税理士の実務視点 低価法は「値下がり分を毎年自動的に経費にできる」便利な方法ですが、届出を忘れると使えません。また、一度選んだ方法は、合理的な理由なく頻繁に変えることはできません。取り扱う商品の性質（季節性があるか、型落ちしやすいか）を見たうえで、どの方法が自社に合うかを決算前に一度検討しておくことをおすすめします。

税務調査で見られる棚卸しの3大ポイント

結論として、棚卸しで指摘が多いのは「数え漏れ」「単価の誤り」「在庫の置き場所の見落とし」の3つです。とくに意図的な数え漏れは、最も重いペナルティの対象になります。

ポイント①　「棚卸除外」は重加算税の典型例

棚卸除外とは、本当はある在庫を、わざと棚卸しの結果から外して少なく計上することです。利益を小さく見せるための典型的な手口として、税務署も重点的に確認しています。

【要注意】在庫の操作は「うっかり」では済まない 意図的に在庫を少なく計上したと判断されると、追加の税金に対して35%の重加算税がかかります。通常の誤り（過少申告加算税10%）と比べて、ペナルティは3倍以上です。 調査官は、決算日前後の仕入れと売上の伝票、倉庫の入出庫記録、棚卸表の原本（数えたときのメモ）を照らし合わせて確認します。棚卸表を後から書き直した跡があると、強い疑いを持たれます。

ポイント②　単価の付け方の誤り

数量が正しくても、単価が間違っていれば在庫の金額は変わります。届け出ていないのに低価法のような計算をしていたり、根拠なく「売れないから0円」としていたりすると、指摘の対象になります。

ポイント③　「自社の倉庫以外」にある在庫の見落とし

在庫は自社の倉庫や店舗にあるものだけではありません。次のような在庫も、自社の持ち物であれば棚卸しに含める必要があります。

• 預け在庫：取引先や外部の倉庫に預けている商品
• 未着品：代金は支払い済み（または仕入れ計上済み）で、まだ届いていない商品
• 積送品：販売を委託して、委託先に送っている商品
• 仕掛品：製造業や建設業で、決算日時点で作りかけの製品や工事
• 車両の中の在庫：営業車やトラックに積んだままの商品・材料

少額の消耗品は「貯蔵品」にしなくてよい場合も

事務用品や包装材料、広告用の印刷物など、毎年おおむね同じ量を買って使っている少額の消耗品は、買った年の経費にしてよいとされています。ただし、決算直前に大量に買い込んだ場合は、使っていない分を「貯蔵品」として在庫に含める必要があります。

決算前にできる「正しい」税負担の減らし方

結論から言うと、合法的に税金を減らす方法は、在庫を少なく書くことではなく、売れない在庫を実際に処分するか、価値が下がった事実を証拠とともに評価に反映することです。

方法①　不良在庫を決算日までに廃棄する（廃棄損）

廃棄損とは、売れなくなった在庫を実際に捨てたときに、その仕入れ値を経費にすることです。決算日までに廃棄すれば、その年の経費になります。

ポイントは「本当に捨てた」と証明できる記録です。次の資料を必ず残しておきましょう。

• 廃棄した商品の品名・数量・金額の一覧表
• 廃棄前と廃棄中の写真（日付が分かるもの）
• 廃棄業者の領収書や処理の証明書（マニフェストなど）
• 社内の廃棄決定の記録（誰が・いつ・なぜ廃棄を決めたか）

方法②　価値が大きく下がった在庫に評価損を計上する

評価損とは、在庫の価値が仕入れ値より大きく下がったときに、その差額を経費にすることです。最終仕入原価法などの原価で評価している場合でも、一定の事実があれば評価損を計上できます。

評価損が認められるのは、災害で大きく傷んだ場合や、著しく陳腐化した場合などです。たとえば、季節商品の売れ残りで今後は通常の値段で売れないことが過去の実績から明らかな場合や、新モデルの発売で旧モデルが通常の値段では売れなくなった場合が該当します。

一方で、「単に市場の値段が少し下がった」「なんとなく売れ行きが悪い」というだけでは評価損は認められません。この場合に値下がり分を経費にしたいのであれば、前述の低価法を選んでおく必要があります。

方法③　値下げ販売・処分セールで売り切る

評価損の要件を満たさない在庫でも、決算日までに値下げして実際に売ってしまえば、売上と売上原価の差として損失が確定します。在庫を持ち続けると保管費用もかかるため、「税金」と「資金繰り」の両面で、年内に売り切る判断が有効な場合も少なくありません。

税理士の実務視点 在庫は、決算書の上では「資産」ですが、売れない在庫は現金にならない「お金の眠り場所」です。棚卸しの時期は、税金の計算のためだけでなく、仕入れの量や商品構成を見直す絶好の機会でもあります。毎年同じ商品が売れ残っているなら、仕入れ方そのものを変えることが、最も大きな経営改善になります。

年末の棚卸しを正しく行う5ステップ

結論として、棚卸しは「事前に処分を終え、当日は2人1組で数え、記録の原本を残す」ことが基本です。次の順番で進めましょう。

STEP1　日程と担当者を決める（11月中） 決算日またはその前後の日を棚卸し日に設定し、担当者と作業範囲を割り振ります。外部倉庫や預け在庫の確認先もリストにします。

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STEP2　不良在庫を洗い出し、廃棄・処分を済ませる（12月中旬まで） 売れない在庫は決算日までに廃棄や値下げ販売を行い、写真や証明書を保存します。

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STEP3　実地棚卸しを行う（決算日前後） 2人1組で、1人が数え、1人が記録します。数え終わった棚には札を付け、二重カウントや漏れを防ぎます。

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STEP4　単価を付けて金額を計算する 届け出た評価方法（届出がなければ最終仕入原価法）で単価を付けます。評価損を計上する在庫は、根拠資料をまとめます。

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STEP5　帳簿と照らし合わせ、原本を保存する 帳簿上の在庫と実際の数の差を確認し、差が大きい場合は原因を調べます。手書きの棚卸表も含め、原本を7年間保存します。

年末年始の棚卸し作業で見落としがちな労務の注意点

結論として、棚卸しを休日や営業時間後に行う場合は、割増賃金の支払いと必要な手続きを忘れないことが大切です。アルバイトを短期で雇う場合も、税金と保険の手続きが必要です。

休日・時間外の棚卸しには割増賃金が必要

割増賃金とは、法律で決められた労働時間を超えて働いた場合や休日・深夜に働いた場合に、通常の賃金に上乗せして支払う賃金のことです。営業時間後や休日に棚卸しをする場合、次の割増率以上で支払う必要があります。

働き方	割増率（最低基準）	注意点
時間外労働（1日8時間・週40時間を超える分）	25%以上	月60時間を超える部分は50%以上（中小企業も対象）
法定休日の労働	35%以上	「週1日の休日」にあたる日の労働
深夜労働（午後10時〜午前5時）	25%以上	時間外・休日と重なれば率を合算

また、時間外労働や休日労働をさせるには、あらかじめ労働者の代表と「36（サブロク）協定」を結び、労働基準監督署に届け出ておく必要があります。割増賃金や36協定のルールは、厚生労働省ホームページでも案内されています。

短期アルバイトを雇うときの手続き

棚卸しのために1日だけ、または数日だけアルバイトを雇う場合も、次の点に注意しましょう。

• 源泉所得税：2か月以内の短期雇用の日給は「日額表の丙欄」で計算します。日給9,300円未満なら源泉所得税はかかりません。
• 雇用保険：31日以上働く見込みがない短期の雇用は、原則として加入の対象外です。
• 社会保険：2か月以内の期間を決めて雇い、それを超えて働く見込みがない場合は、原則として加入の対象外です。
• 労災保険：1日だけの雇用でも対象です。棚卸し中のけがにも適用されます。

なお、アルバイトに「業務委託」として報酬を払う形にすると、前回の税務調査の記事でも触れたように、実態が雇用であれば給与と判断されます。会社の指示で時間を決めて数えてもらう作業は、雇用として扱うのが実務の結論です。

シミュレーション：在庫200万円の数え漏れと、正しい評価損の差

結論から言うと、期末在庫を200万円少なく計上していたことが調査で分かると、追加の税金とペナルティで約66万円（意図的と判断されれば約81万円）を払うことになります。一方、売れ残り在庫に正しく評価損を計上すれば、約36万円の税負担を合法的に減らせます。

前提条件

• 12月決算の雑貨卸売業の会社（資本金1,000万円）
• 期首在庫800万円、1年間の仕入れ8,000万円、正しい期末在庫1,000万円
• 法人税・住民税・事業税をあわせた実効税率は約30%と仮定
• 数値は分かりやすさを優先した概算です（延滞税・消費税は含めていません）

ケース1：外部倉庫の在庫200万円を数え漏れた場合

項目	正しい計算	数え漏れがあった計算	差
期末在庫	1,000万円	800万円	－200万円
売上原価	7,800万円	8,000万円	＋200万円
利益（所得）	正しい金額	200万円少ない	－200万円
納めた税金	正しい金額	約60万円少ない	－約60万円

調査で見つかった場合の負担	うっかりミスの場合	意図的と判断された場合
追加の税金（本税）	約60万円	約60万円
加算税	過少申告加算税10%：約6万円	重加算税35%：約21万円
合計（延滞税を除く）	約66万円	約81万円

数え漏れた在庫は翌年の期首在庫も少なくなるため、翌年の利益が増えて結果的に税金は取り戻される形になります。しかし、本来の年の税金が不足していたことに変わりはなく、加算税と延滞税は丸ごと余計な負担になります。

ケース2：売れ残りの季節商品に正しく評価損を計上した場合

期末在庫1,000万円のうち、原価150万円分の季節商品が売れ残り、過去の実績から今後は30万円程度でしか売れないことが明らかだったとします。

項目	評価損を計上しない	評価損を計上する
在庫の評価額	150万円	30万円
評価損（経費）	0円	120万円
税負担の軽減額（実効税率約30%）	0円	約36万円
必要な証拠	－	販売実績・値下げ履歴・陳腐化の理由の記録

【シミュレーションから分かること】 在庫を「少なく書く」ことは、見つかれば加算税と延滞税で必ず損をします。一方、売れない在庫の価値が下がった事実を「証拠とともに正しく反映する」ことは、合法的な節税です。 同じ「在庫を減らす」でも、その方法と記録の有無で、結果は正反対になります。年末の棚卸しの前に、不良在庫の洗い出しと証拠づくりを済ませておくことが、最も確実な対策です。

[画像指示：左に「在庫を少なく書く→調査で発覚→加算税」、右に「売れ残りを処分・評価→証拠を保存→合法的に経費」と、2つの道を対比させた図解イラスト / キャプション：在庫を減らす方法と記録の残し方で、結果は正反対になります]

よくある質問（FAQ）

Q. 棚卸しは毎年必ずやらなければいけませんか？

A. はい、毎年の決算で必要です。在庫を販売する事業や製品を作る事業では、期末の在庫の金額が分からないと、正しい利益を計算できません。帳簿上の在庫の数字だけでなく、実際に数える「実地棚卸し」を行い、その記録を保存しておくことが基本です。

Q. 在庫が少しだけなら、計上しなくても問題ありませんか？

A. 商品や材料などの在庫は、金額が小さくても計上が必要です。例外は、毎年おおむね同じ量を買って使っている事務用品などの少額の消耗品で、これらは買った年の経費にできます。ただし、決算直前にまとめ買いした消耗品は、使っていない分を在庫に含めます。

Q. 売れ残った商品を値下げしたら、評価損になりますか？

A. 単に値段が下がっただけでは、評価損は認められません。季節商品の売れ残りで今後通常の値段で売れないことが過去の実績から明らかな場合など、著しく陳腐化した事実が必要です。値下がり分を毎年経費にしたい場合は、低価法を選ぶ届出を事前に行っておきましょう。

Q. 個人事業主でも低価法は使えますか？

A. 青色申告をしている個人事業主であれば、税務署に届け出ることで低価法を使えます。白色申告の場合は低価法を選べません。届出をしていなければ、最終仕入原価法で計算します。

Q. 棚卸表は手書きでもよいですか？

A. 手書きでも問題ありません。むしろ、棚卸し当日に記録した手書きの表は、税務調査で「実際に数えた証拠」として重要です。会計ソフトに入力した後も、原本は捨てずに帳簿と一緒に保存しておきましょう。

まとめ：棚卸しは「数える作業」ではなく「利益と税金を決める作業」

【3行まとめ】 1．期末在庫の金額が利益と税金を決めます。数え漏れや操作は、調査で重加算税の対象になり得ます。 2．税負担を減らすなら、売れない在庫を年内に廃棄・処分するか、陳腐化の証拠をそろえて評価損を計上します。 3．年末年始の棚卸し作業は、割増賃金・36協定・短期アルバイトの手続きまで、労務面の準備も忘れずに。

棚卸しは、毎年のことだからこそ「前年と同じやり方」で済ませてしまいがちです。しかし、在庫の数え方と評価の仕方ひとつで、税金も、税務調査での説明のしやすさも大きく変わります。さらに、棚卸し作業そのものが、残業代や休日出勤、短期雇用といった労務の論点も含んでいます。

当事務所には、国税の調査実務を内側から知る国税OBの税理士が在籍し、調査官が棚卸表や決算日前後の取引のどこを確認するのかを踏まえて、事前の点検をお手伝いしています。また、税理士と社会保険労務士が同じ事務所で連携しているため、棚卸し作業の割増賃金や36協定、短期アルバイトの手続きまで一体でご支援できます。日ごろの巡回監査の中で、在庫の推移や不良在庫の兆候も早めにお伝えします。

税務の判断は個々の状況によって異なります。自己判断で損をする前に、お気軽に当事務所へご相談ください。 「売れ残りの在庫を経費にできるか知りたい」「今年の棚卸しのやり方を見直したい」——決算日の前のご相談こそ、打てる手が最も多いタイミングです。ご相談は当事務所ホームページから、オンラインでも承っています。

税金の制度や届出の詳細は、国税庁ホームページでも確認できます。

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