2026/09/26

免税事業者との取引で会社が損をしない見直し術と2割特例の出口戦略

「外注先に免税事業者がいるけれど、10月から何がどう変わるの？」「2割特例が終わったら、うちの消費税はいくらになるの？」――インボイス制度が始まって3年。ようやく慣れてきたところで、2026年10月1日に制度の大きな節目がやってきます。

この記事では、インボイス制度の「経過措置」がどう縮小していくのか、会社（仕入れる側）と個人事業主（売る側）それぞれに何が起こるのかを、リンゴ屋さんの例え話と具体的な数字で、どこよりもやさしく解説します。読み終えるころには、10月までに何をすべきか、10月以降どんな順番で見直せばよいかがはっきり分かります。

【この記事の結論】 ① 免税事業者からの仕入れで差し引ける消費税の割合は、2026年10月1日から80%→70%に下がり、その後も50%→30%→0%と段階的に縮小します。 ② 会社側は「取引先ごとの影響額」を今すぐ計算し、価格据え置き・適正な価格協議・登録依頼のどれを選ぶかを取引先ごとに決めることが最優先です。 ③ 2割特例を使っている個人事業主・小さな会社は「特例が終わった後の納税額」を試算し、簡易課税の届出タイミングを逃さないことが最大の防衛策です。

[画像指示：インボイス経過措置の控除割合が80%→70%→50%→30%→0%と階段状に下がっていく様子を示すグラフ風イラスト / キャプション：2026年10月は「階段の一段目」。ここから毎年のように負担が増えていきます]

1. インボイスの「経過措置」とは？リンゴ屋さんで仕組みを理解する

結論から言うと、経過措置とは、インボイス（登録番号付きの請求書）をもらえない相手から仕入れても、消費税の一部だけは差し引いてよいとする「おまけ期間」のことです。このおまけが、2026年10月から少しずつ小さくなっていきます。

消費税は「預かった税」から「支払った税」を引いて納める

まず、消費税の基本の仕組みを確認しましょう。消費税とは、商品やサービスの代金に上乗せして、最終的にはお客さんが負担する税金のことです。お店や会社は、お客さんから「預かった消費税」から、自分が仕入れのときに「支払った消費税」を差し引いて、残りを国に納めます。この差し引きのことを「仕入税額控除（しいれぜいがくこうじょ）」と呼びます。

たとえば、リンゴ屋さんが農家から1,000円（＋消費税100円）でリンゴを仕入れ、お客さんに2,000円（＋消費税200円）で売ったとします。リンゴ屋さんが納める消費税は、預かった200円－支払った100円＝100円です。

インボイスがないと「支払った税」を引けない

インボイス制度とは、「支払った消費税を差し引きたいなら、税務署に登録した事業者が発行する請求書（インボイス）を保存してください」というルールのことです。もし農家さんが登録していない免税事業者だと、リンゴ屋さんは支払った100円を原則として差し引けず、200円をまるまる納めることになります。

いきなり全額が差し引けなくなると商売が混乱するため、国は「最初の3年間は80%、その後は少しずつ減らす」という経過措置を設けました。これが今回の主役です。

2. 2026年10月から何が変わる？控除割合の新スケジュール

結論として、2026年10月1日から2028年9月30日までの2年間は70%、その後は50%、30%と下がり、2031年10月以降はゼロになります。当初は2026年10月から一気に50%へ下がる予定でしたが、令和8年度税制改正で下がり方がゆるやかに見直されました。

課税仕入れを行った期間	差し引ける割合	当初の予定（改正前）
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%	50%（〜2029年9月）
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%	同上／2029年10月以降0%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%	0%
2031年10月1日以降	0%（全額差し引けない）	0%

表1：免税事業者等からの仕入れに係る経過措置の控除割合（令和8年度税制改正後）

ゆるやかになっても「負担が増える」ことに変わりはない

当初の50%より緩和されたとはいえ、差し引ける額は確実に減ります。免税事業者への支払いが多い会社ほど、10月以降の消費税の納税額が増えます。「緩和されたから大丈夫」ではなく、「緩和されている今のうちに手を打つ」のが正しい受け止め方です。

一つの取引先から年10億円を超える仕入れには経過措置が使えない

見落としやすいルールとして、一つの免税事業者等からの仕入れが1年間（課税期間）で合計10億円（税込）を超える場合、その超えた部分には経過措置が使えません。大規模な外注先を抱える会社は注意が必要です。

💡 税理士の実務視点 経過措置の割合は「代金を払った日」ではなく「仕入れを行った日（商品の引渡しやサービスの提供が完了した日）」で判定します。9月30日までに納品・作業完了したものは、支払いが10月でも80%です。 月末締めの外注費や、9月末をまたぐ継続業務は、契約上いつ役務提供が完了したのかを請求書・納品書で明確にしておくと、税務調査でも説明がスムーズになります。

3. 会社（仕入れる側）への影響と3つの選択肢

結論として、会社がとるべき行動は「取引先ごとに影響額を計算し、①価格据え置き、②適正な価格協議、③インボイス登録の依頼、のいずれかを選ぶ」ことです。一律の対応ではなく、取引先ごとの判断が必要です。

選択肢①：価格を据え置いて会社が負担を受け入れる

腕のよい職人さんや長年のパートナーなど、取引関係を最優先したい相手には、差し引けなくなる消費税分を会社がかぶる選択もあります。影響額が小さい取引先はこの選択が合理的です。

選択肢②：取引先と価格について協議する

影響額が大きい場合は、取引条件の見直しを話し合います。ただし、一方的な値下げの押し付けは法律違反になるおそれがあります。必ず協議の場を設け、根拠を示して合意を得ることが大前提です。

選択肢③：取引先にインボイス登録を検討してもらう

取引先が登録すれば、会社は全額を差し引けます。ただし、登録すると取引先自身が消費税を納めることになるため、後述する2割特例や簡易課税の情報もあわせて伝えると、相手の不安が和らぎ、話がまとまりやすくなります。

選択肢	会社のメリット	会社のデメリット・リスク	向いている取引先
①価格据え置き	関係が良好に保てる	消費税負担が毎年増える	影響額が小さい・代わりがきかない相手
②価格協議	負担を分け合える	進め方を誤ると法令違反のリスク	取引額が大きく、協議の余地がある相手
③登録依頼	全額差し引ける	相手の負担増で関係悪化の可能性	売上規模があり、登録しても困らない相手

表2：免税事業者との取引における会社側の3つの選択肢の比較

⚠ 実務上の落とし穴 免税事業者であることを理由に、協議なしで一方的に取引価格を引き下げたり、取引を打ち切ったりすると、独占禁止法や下請法（2026年1月からは中小受託取引適正化法）上の問題となるおそれがあります。 価格協議は「経過措置の縮小でいくら負担が増えるのか」を数字で示し、書面で合意内容を残すのが鉄則です。

4. 個人事業主・小さな会社（売る側）への影響：2割特例の終わりと出口戦略

結論として、免税事業者からインボイス登録をした事業者が使える「2割特例」は終わりが近づいています。特例終了後の納税額を今のうちに試算し、簡易課税を選ぶかどうかを決めておくことが最も大切です。

2割特例とは？

2割特例とは、もともと免税事業者だった人がインボイス登録した場合に、納める消費税を「お客さんから預かった消費税の2割」だけでよいとする負担軽減措置のことです。届出は不要で、申告書にチェックを入れるだけで使えます。

■ 個人事業主の場合

2023年分から2026年分（2026年12月31日まで）の申告で使えます。つまり、2026年分の確定申告（2027年3月申告）が2割特例の最後です。

■ 法人の場合

2026年9月30日を含む事業年度までが対象です。たとえば3月決算の会社なら2027年3月期まで、9月決算の会社なら2026年9月期までとなります。

個人事業主には「3割特例」という激変緩和がある

令和8年度税制改正で、2割特例が終わった個人事業主について、2027年分・2028年分の2年間は、納める消費税を預かった消費税の3割とできる措置（いわゆる3割特例）が設けられました。いきなり本来の計算に戻るのではなく、もう一段階クッションがあると理解してください。なお、法人はこの対象外です。

特例が終わった後は「簡易課税」か「本則課税」を選ぶ

特例終了後の計算方法は2つです。簡易課税とは、実際の経費を集計せず、業種ごとに決められた割合（みなし仕入率）で支払った消費税を計算する方法のことです。本則課税とは、実際に支払った消費税を一つひとつ積み上げて計算する方法のことです。

計算方法	納める消費税の目安	手間	使える期間・条件
2割特例	預かった消費税×20%	最も少ない	個人：2026年分まで／法人：2026年9月30日を含む期まで
3割特例	預かった消費税×30%	少ない	個人事業主のみ・2027年分と2028年分
簡易課税	預かった消費税×（1－みなし仕入率）	少ない	基準期間の売上5,000万円以下＋事前届出
本則課税	預かった消費税－実際に支払った消費税	多い	条件なし（原則的な方法）

表3：インボイス登録事業者が選べる消費税の計算方法の比較

💡 税理士の実務視点 簡易課税は原則として「使いたい期の前の期の末日まで」に届出が必要です。ただし、2割特例を使った期の翌期に簡易課税を選ぶ場合は、その翌期中に届出を出せばその期から適用できる特例があります。 とはいえ、ギリギリの判断は禁物です。経費が多い業種（仕入れの多い小売業など）は本則課税の方が有利なこともあります。簡易課税は一度選ぶと原則2年間やめられないため、必ず両方の方法で試算してから届出を出しましょう。

5. 10月までに・10月以降にやるべき5ステップ

結論として、やるべきことは「洗い出し→影響額の計算→方針決定→協議・届出→経理体制の更新」の5つです。以下の順番で進めれば漏れがありません。

STEP 1

取引先の洗い出し 外注先・仕入先の中から、インボイス登録をしていない取引先を一覧にします。国税庁の公表サイトで登録番号の有無を確認し、年間の取引額も並べます。

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STEP 2

影響額の計算 取引先ごとに「年間支払額（税込）×10/110×（100%－差し引ける割合）」で、差し引けなくなる消費税を計算します。70%・50%・0%の3パターンで比べると将来の負担が見えます。

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STEP 3

取引先ごとの方針決定 表2の3つの選択肢から、影響額と取引関係の重要度をふまえて方針を決めます。

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STEP 4

協議・届出の実行 価格協議は書面で合意を残します。自社が2割特例の利用者なら、特例終了後の計算方法を試算し、簡易課税の届出期限をカレンダーに登録します。

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STEP 5

経理処理の更新 会計ソフトの経過措置の設定を「80%」から「70%」に切り替えます。帳簿には経過措置の適用を受ける仕入れである旨の記載が必要です。

[画像指示：5ステップのチェックリストを経営者と担当者が確認している様子のイラスト / キャプション：10月1日をまたぐ前に、取引先一覧と会計ソフトの設定を必ず確認しましょう]

6. 具体的なシミュレーション：いくら負担が変わる？

結論として、免税事業者への年間支払いが税込1,100万円の会社では、差し引けない消費税が年20万円から30万円に増え、2031年10月以降は年100万円になります。また、売上800万円の個人事業主では、特例終了後に納税額が2倍以上になるケースがあります。

ケース1：会社（仕入れる側）｜免税事業者の外注先に年間税込1,100万円を支払う

外注費1,000万円＋消費税100万円＝税込1,100万円を、インボイス登録をしていない職人さんに支払っている建設業の会社を想定します（消費税率10%で簡便計算）。

期間	差し引ける消費税	差し引けない消費税（会社の負担増）
登録事業者だった場合	100万円	0円
〜2026年9月（80%）	80万円	20万円
2026年10月〜2028年9月（70%）	70万円	30万円
2028年10月〜2030年9月（50%）	50万円	50万円
2030年10月〜2031年9月（30%）	30万円	70万円
2031年10月〜（0%）	0円	100万円

表4：年間税込1,100万円の外注費に係る消費税負担の推移

10月からの増加額は年10万円ですが、5年後には年100万円の差になります。同じ規模の取引先が3社あれば、最終的には年300万円です。「今は小さな差」でも、先を見た判断が必要なことが分かります。

ケース2：個人事業主（売る側）｜売上税込880万円のWebデザイナー

売上800万円＋消費税80万円＝税込880万円、経費は税込220万円（うち消費税20万円）の個人デザイナーを想定します。デザイン業は簡易課税では「第5種事業（サービス業等）」で、みなし仕入率は50%です。

計算方法	計算式	納める消費税
2割特例（2026年分まで）	80万円×20%	16万円
3割特例（2027・2028年分）	80万円×30%	24万円
簡易課税（第5種）	80万円－80万円×50%	40万円
本則課税	80万円－20万円	60万円

表5：売上税込880万円の個人事業主の消費税納税額の比較

このケースでは、2027年・2028年は3割特例の24万円、2029年以降は簡易課税の40万円が最も有利です。本則課税のままだと60万円となり、2割特例の時代と比べて年44万円も負担が増えます。簡易課税の届出を忘れるだけで、毎年20万円の差がつくのです。

💡 税理士の実務視点 会社側の「差し引けない消費税」は、法人税の計算上は経費（損金）になるため、その分だけ法人税は軽くなります。しかし、現金が出ていく事実は変わりません。消費税・法人税・資金繰りを一体で見て判断することが、経営判断としての正解です。 個人事業主側は、特例が終わる年の前年に、翌年以降の納税額を資金繰り表に組み込んでおくと、納税時期に慌てずに済みます。

よくある質問（FAQ）

Q.  9月に作業が終わり、10月に支払う外注費は80%と70%のどちらですか？

A. 80%です。経過措置の割合は、代金を支払った日ではなく、仕入れを行った日（引渡しや役務提供が完了した日）で判定します。

Q.  経過措置を使うために必要な書類はありますか？

A. はい。取引先が発行する、内容や金額が区分された請求書等を保存し、帳簿に経過措置の適用を受ける仕入れである旨（「80%控除対象」「70%控除対象」など）を記載する必要があります。

Q.  自社が簡易課税を選んでいる場合も影響はありますか？

A. 自社の納税額への直接の影響はありません。簡易課税は売上をもとに計算するため、仕入先が登録事業者かどうかは関係しないからです。ただし、自社の取引先から登録状況を確認されることはあります。

Q.  2割特例を使うのに届出は必要ですか？

A. 不要です。消費税の申告書に2割特例を適用する旨を記載するだけで使えます。毎回、有利な方法を選べるのも特長です。

Q.  インボイス登録をやめて免税事業者に戻ることはできますか？

A. 登録取消しの届出書を提出すれば可能です。ただし、提出期限があるほか、登録した時期によっては一定期間は免税事業者に戻れない制限があります。取引先への影響も大きいため、必ず事前に専門家に相談してください。

まとめ：10月1日は「見直しのスタートライン」

• 免税事業者からの仕入れで差し引ける消費税は、2026年10月1日から80%→70%に縮小し、2031年10月にはゼロになります。
• 会社側は取引先ごとの影響額を計算し、価格据え置き・適正な協議・登録依頼を使い分けることが重要です。
• 2割特例を使う事業者は、3割特例や簡易課税を含めた「特例後の納税額」を試算し、届出の期限を逃さないことが最大の防衛策です。

インボイス制度の経過措置は、取引先との関係、消費税、法人税、そして資金繰りのすべてに関わる経営テーマです。当事務所では、国税の実務を知り尽くした税理士が、取引先ごとの影響額の試算から、価格協議の進め方、簡易課税の有利不利判定まで、会社の実情に合わせて具体的にサポートしています。

税務の判断は個々の状況によって異なります。自己判断で損をする前に、お気軽に当事務所へご相談ください。10月1日をまたぐ前の今こそ、見直しの絶好のタイミングです。