2026/09/18

M&Aでかかる税金の全体像と、退職金を使った手取り最大化の技術

「譲渡価格〇〇万円で話がまとまりそうだ」——そこまで来て、ふと不安になる経営者の方は少なくありません。契約書に書かれた金額がそのまま自分の口座に入るわけではなく、税金という大きな網がかかるからです。「結局、手元にはいくら残るのか」が分からないまま契約を進めてしまうと、後になって想定より数百万円も少ない手取りに愕然とすることになりかねません。

この記事を読むことで、M&Aの対価にどのような税金がかかるのかという全体像と、同じ譲渡価格でも受け取り方を工夫するだけで手取りを大きく増やせる「退職金の活用」という実務的な技術が分かります。

結論：中小企業のM&Aでは、株式譲渡なら個人の譲渡所得として20.315％の分離課税で済むのが原則です。しかし、譲渡対価の一部を「役員退職金」として受け取る設計に組み替えるだけで、税負担をさらに引き下げ、手取りを数百万円単位で増やせるケースが数多くあります。ただし規程整備や算定根拠がなければ税務調査で否認されるリスクもあるため、交渉の初期段階から税理士を交えた事前設計が欠かせません。

M&Aでかかる税金の全体像

M&Aの税金とは、会社や事業を譲り渡す対価に対して課される税金の総称であり、譲渡の方法（株式譲渡か事業譲渡か）や売り手が個人か法人かによって、課税される税目も税率も全く異なるものを指します。まずはこの「全体像」を正確に押さえることが、手取り最大化の出発点です。

株式譲渡の場合の税金

オーナー経営者個人が保有する株式を買い手に売却する「株式譲渡」では、個人の譲渡所得として、所得税・住民税・復興特別所得税をあわせて20.315％の申告分離課税が適用されます。これは給与所得などとは合算されない別枠の計算方式で、譲渡益が大きくても税率が跳ね上がらない点が最大の特徴です。売り手が資産管理会社などの法人である場合は、法人税・地方法人税・法人住民税・事業税をあわせた実効税率（概算約33％）での総合課税となり、個人の場合とは仕組みが大きく異なります。

事業譲渡の場合の税金

会社という器ではなく、工場・顧客との契約・のれん（営業権）といった個々の資産・負債を買い手に譲る「事業譲渡」では、譲渡益は法人の利益として法人税等（実効税率約33％）の対象になります。加えて、譲渡する資産のうち機械設備やのれんなど課税資産には消費税が課される一方、土地や有価証券などは非課税資産にあたるため、資産ごとの課否判定が必要になります。株式譲渡と異なり、消費税の申告・納付という追加の実務が発生する点は見落とされがちな注意点です。

🖊 税理士の実務視点 「株式譲渡だから20.315％で済むはず」と思い込んで交渉を進め、あとから資産管理会社経由の株式であることが判明し、法人税率で計算し直す羽目になるケースを何度も見てきました。誰が株主で、どの法人が売り手になるのかは、税額計算の前提そのものです。基本合意の前に必ず確認してください。

比較項目	株式譲渡（個人株主）	事業譲渡（法人）
課税対象	株式の譲渡益（譲渡所得）	資産・負債の譲渡益（法人の利益）
主な税目	所得税・住民税・復興特別所得税	法人税・地方法人税・法人住民税・事業税
課税方式	申告分離課税（給与等と合算しない）	総合課税（法人の他の損益と合算）
実効税率の目安	20.315％	約33％（会社の規模・所得により変動）
消費税	かからない（有価証券の譲渡は非課税）	課税資産（機械・のれん等）にはかかる
会社（法人格）の扱い	そのまま買い手に承継される	会社は売り手に残り、資産だけが移転する

【画像挿入】株式譲渡と事業譲渡で課税される税金の違いを、会社の器と中身に分けて示す対比イラスト キャプション：同じ「会社を譲る」でも、税金の仕組みはこんなに違います

手取りを最大化する3つの実務的な工夫

譲渡方法が決まれば税率の大枠は動かせませんが、「対価の受け取り方」を工夫することで、同じ譲渡価格でも手取り額を増やせる余地があります。ここでは中小企業のM&Aで実際によく使われる3つの手法を、メリットと注意点あわせて解説します。

① 役員退職慰労金の活用

役員退職慰労金とは、会社を退任する役員に対して、それまでの功労に報いる目的で会社が支給する退職金のことです。退職所得には「退職所得控除」という大きな非課税枠が設けられており、さらに控除後の金額に2分の1を掛けてから税率を適用する「2分の1課税」という優遇措置があります。譲渡対価の一部をこの退職金として受け取る形に組み替えることで、株式譲渡の20.315％よりもさらに低い実効税率を実現できるケースが少なくありません。

② 役員退職慰労金規程の整備

退職金を活用する際に絶対に欠かせないのが、「役員退職慰労金規程」の整備です。功績倍率法（最終報酬月額×役員在任年数×功績倍率）など、あらかじめ定められた合理的な基準に基づいて金額を算定していなければ、税務調査で「不相当に高額な部分」と指摘され、会社側の損金算入が否認されるリスクがあります。M&Aの交渉が始まってから慌てて規程を作るのではなく、日頃から規程を整備し、株主総会・取締役会の議事録を残しておくことが、退職金活用の前提条件になります。

③ コンサルティング料（顧問料）の活用と注意点

譲渡後も一定期間、旧オーナーが顧問やアドバイザーとして会社に関与し、その対価をコンサルティング料として受け取る設計も選択肢の一つです。所得区分が事業所得・雑所得となり、必要経費を控除できる余地がある点がメリットですが、実態を伴わない名目だけの顧問料は、税務上「実質的な譲渡対価の一部」と合算して認定される可能性があります。業務実態（稼働時間・成果物）を明確にし、金額も市場水準に見合う範囲に収めることが安全に活用するための条件です。

🖊 税理士の実務視点 退職金・コンサル料ともに「節税効果は大きいが、設計を誤ると税務調査で全額否認される諸刃の剣」です。国税当局は退任の実態・規程の有無・金額の合理性を厳しく見ます。国税OBが在籍し税務調査対応に精通した専門家と、契約書を作る前の段階でシミュレーションしておくことを強くおすすめします。

対価設計から退職金活用までの流れ

STEP 1　　譲渡価格の総額・スキーム（株式／事業譲渡）を確定する

↓

STEP 2　　役員退職慰労金規程の有無・内容を確認し、なければ整備する

↓

STEP 3　　功績倍率法等で退職金の適正額を算定する

↓

STEP 4　　退職金部分と株式譲渡対価部分に対価を切り分けた契約設計を行う

↓

STEP 5　　税理士が税額シミュレーションを行い、双方合意のうえ契約書に反映する

【画像挿入】退職金活用を組み込んだM&Aの対価設計プロセスを示すフロー図 キャプション：「切り分け」の設計は契約書を作る前に済ませておくのが鉄則です

具体的なシミュレーション：譲渡価格6,000万円のケース

年商8,000万円規模の会社を、譲渡価格6,000万円で株式譲渡する場合を例に、退職金を活用した場合としない場合の手取り額を比較してみます（取得費は簡便的に1,000万円、勤続年数30年と仮定した概算値です）。

ケースA：対価6,000万円をすべて株式譲渡対価として受け取る場合

• 譲渡所得＝6,000万円－取得費1,000万円＝5,000万円
• 税額＝5,000万円×20.315％＝約1,016万円
• 手取り＝6,000万円－約1,016万円＝約4,984万円

ケースB：対価のうち2,000万円を役員退職金、残り4,000万円を株式譲渡対価とする場合

• 退職所得控除額＝800万円＋70万円×（30年－20年）＝1,500万円
• 退職所得＝（2,000万円－1,500万円）×1/2＝250万円（分離課税・概算実効税率20％として税額約50万円）
• 株式譲渡分の譲渡所得＝4,000万円－取得費1,000万円＝3,000万円
• 株式譲渡分の税額＝3,000万円×20.315％＝約609万円
• 税額合計＝約50万円＋約609万円＝約659万円
• 手取り＝6,000万円－約659万円＝約5,341万円

🖊 税理士の実務視点 同じ6,000万円の譲渡価格でも、対価の切り分け方によって手取り額に約357万円もの差が生まれる計算になります。これはあくまで勤続年数・功績倍率などを仮定した概算シミュレーションであり、実際の金額は退職金規程の内容や個々の所得状況によって変動します。契約条件を固める前に、必ず個別の試算を行ってください。

比較項目	ケースA（全額株式譲渡）	ケースB（退職金2,000万円活用）
対価の内訳	株式譲渡対価6,000万円	退職金2,000万円＋株式譲渡対価4,000万円
税額（概算）	約1,016万円	約659万円
手取り額（概算）	約4,984万円	約5,341万円
差額	－	約＋357万円

よくある質問（FAQ）

Q. 退職金を活用すれば必ず税金は安くなりますか？

A. 多くのケースで有利になりますが、必ずではありません。役員退職慰労金規程が整備されておらず金額の算定根拠が乏しい場合、税務調査で「不相当に高額」と判断され、会社側で損金不算入となるリスクがあります。事前の規程整備と適正額の算定が前提条件です。

Q. 事業譲渡では消費税は必ずかかりますか？

A. 資産ごとに課税・非課税の判定が必要です。機械設備やのれん（営業権）などは課税資産にあたり消費税がかかりますが、土地や有価証券は非課税資産にあたります。譲渡資産の一覧を作り、資産ごとに課否判定を行う実務が必要になります。

Q. 売り手が個人か法人かで、税金の扱いはどう変わりますか？

A. 個人が株式を譲渡する場合は譲渡所得として20.315％の分離課税、法人（資産管理会社など）が譲渡する場合は法人税等として実効税率約33％の総合課税になります。同じ株式譲渡でも税率も申告方法も根本的に異なるため、誰が株主かの確認が最初のステップです。

Q. コンサルティング料（顧問料）を使った節税は安全ですか？

A. 業務の実態が伴っていれば有効な選択肢ですが、名目だけの顧問料は「実質的な譲渡対価の分割払い」とみなされ、譲渡所得として合算課税される可能性があります。稼働実態を明確にし、金額も市場水準に収めることが必要です。

Q. こうした節税策は、いつから準備すればよいですか？

A. 交渉が本格化する前、遅くとも基本合意書を締結する前の段階で準備を始めるべきです。契約金額が固まった後に対価の内訳を組み替えようとすると、買い手との再交渉が必要になり、まとまりかけた話が振り出しに戻ることもあります。

まとめ ―― ご相談はお気軽に

• 株式譲渡は20.315％の分離課税、事業譲渡は法人税等（実効税率約33％）＋消費税と、税金の仕組みは全く異なります。
• 役員退職慰労金を活用すると手取りを大きく増やせる可能性がありますが、規程整備と適正額の算定が絶対条件です。
• 対価の内訳（株式譲渡対価と退職金の切り分け）は、契約条件を固める前の段階で設計しておく必要があります。

税務の判断は個々の状況によって異なります。自己判断で損をする前に、お気軽に当事務所へご相談ください。国税OBによる税務調査対応力と、税理士・社会保険労務士が連携する体制で、税務面だけでなく退職金規程の整備や労務面まで含めたM&A後の手取り最大化を総合的にサポートいたします。