2026/11/07

棚卸しで税金が変わる仕組みと、売れ残り在庫を「損金」にする実務ポイント

「年末の棚卸し、毎年なんとなく数えているけれど、これで合っているのだろうか」「倉庫に眠っている売れ残りは、どう処理すればいいの？」

個人事業主の方や12月決算の会社にとって、年末の棚卸し（たなおろし）は避けて通れない作業です。ところが、「在庫の数え方ひとつで税金が変わる」ことは、意外と知られていません。数え漏れがあれば税務調査で指摘され、逆に売れ残り在庫を正しく処理できていなければ、本来払わなくてよい税金を払っていることになります。

この記事では、棚卸しが税金にどう影響するのかという仕組みから、正しい棚卸しの手順、売れ残り在庫を経費（損金）にするための条件まで、はじめての方でも一読で分かるように解説します。

【この記事の結論】 ① 期末の在庫が多いほど利益が増え、税金も増えます。在庫は「まだ売れていない商品」なので、その年の経費から差し引かれるからです。 ② 数え漏れ（特に倉庫や取引先に預けた在庫）は、税務調査で最も指摘されやすいポイントの一つです。 ③ 売れ残り在庫は、「著しく陳腐化した」などの条件を満たせば評価損、実際に廃棄すれば廃棄損として、その年の損金にできます。証拠を残すことが条件です。

棚卸しとは？在庫が税金を左右する仕組み

結論から言うと、棚卸しは「今年の本当のもうけ」を計算するために、売れ残った商品を経費から外す作業です。

棚卸しとは、決算日（個人事業主は12月31日）に残っている商品・原材料・製品などの在庫の数量を実際に数え、その金額を確定させる作業のことです。この在庫を「棚卸資産」と呼びます。

リンゴの販売で考えてみましょう。1個100円のリンゴを1,000個仕入れて、800個売れたとします。売れ残った200個（2万円分）は来年売る商品なので、今年の経費（売上原価）になるのは、売れた800個分の8万円だけです。

項目	計算	リンゴの例
期首の在庫（去年の売れ残り）	A	0円
今年の仕入れ	B	100,000円（1,000個）
期末の在庫（今年の売れ残り）	C	20,000円（200個）
売上原価（今年の経費）	A＋B−C	80,000円（800個分）

この式から分かるとおり、期末の在庫（C）が増えると経費が減り、利益と税金が増えます。逆に、在庫を少なく数えると、利益が小さく見え、税金が少なくなります。だからこそ、税務署は在庫の数え方を厳しく確認するのです。

[画像指示：仕入れたリンゴの箱が「売れた分（売上原価）」と「売れ残り（期末在庫）」に分かれ、売れ残りが翌年へ繰り越される様子を示した図解イラスト / キャプション：期末の在庫は「今年の経費」ではなく「来年の経費」になります]

在庫の金額はどう決める？評価方法の基本

結論として、届出をしていなければ「最終仕入原価法」で評価します。届出をすれば、会社の実態に合った方法を選ぶこともできます。

評価方法とは、数えた在庫の数量に、1個あたりいくらの単価を掛けて金額にするかを決めるルールのことです。同じ商品でも、仕入れた時期によって仕入値が違うため、どの単価を使うかで在庫の金額が変わります。

評価方法	単価の決め方	特徴
最終仕入原価法	その年の最後に仕入れたときの単価	届出をしない場合の方法。計算が簡単
総平均法	その年の仕入れ全体の平均単価	単価の変動をならせる
先入先出法	先に仕入れたものから売れたとみなす	実際の商品の流れに近い
個別法	1つ1つの実際の仕入値	不動産・宝石など1品ごとに管理する商品向け
低価法（選択）	上記の方法による金額と時価のいずれか低い方	時価が下がったときに在庫の金額を下げられる。届出が必要

評価方法を選ぶ場合は、会社は設立1期目の確定申告期限まで、個人事業主は開業した年の確定申告期限までに届出をします。途中で変更する場合は、新しい方法を使う年度が始まる前日までに承認を受ける必要があります。くわしくは国税庁のタックスアンサーで「棚卸資産の評価方法」を確認できます。

正しい棚卸しの進め方6ステップ

結論として、棚卸しは「事前準備」と「記録の保存」で8割が決まります。当日に数えるだけでは不十分です。

STEP1　日程と担当者を決める 決算日当日（または直前・直後）に実施。数える人と記録する人の2人1組が基本です。

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STEP2　不良品・売れ残りを先に仕分ける 傷んだもの、型落ちのもの、長く売れていないものを別の場所に分けておきます。

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STEP3　実際に数える 棚卸表に品名・数量を記入。数え終わった棚には印を付け、二重カウントや漏れを防ぎます。

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STEP4　社外の在庫を確認する 倉庫業者・外注先・取引先に預けている在庫、運送中の商品（未着品）、委託販売の商品（積送品）を、預かり証などで確認します。

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STEP5　単価を掛けて金額を出す 届け出た評価方法で単価を決め、在庫の金額を計算します。

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STEP6　帳簿と照らし合わせ、記録を保存する 帳簿上の在庫と大きく違う場合は理由を確認。棚卸表の原本（手書きのメモも）を保存します。

【要注意】棚卸表の原本は捨てない 税務調査では、棚卸表の「原本」を見せてほしいと言われることがよくあります。手書きの集計メモを捨て、パソコンで清書した表だけを残していると、数量の根拠を説明できなくなります。 また、決算日の直前に大量に仕入れた商品や、決算日の直後に売れた商品は、「本当に期末に在庫がなかったのか」を確認されやすいポイントです。

売れ残り在庫を「損金」にする方法と注意点

結論として、売れ残り在庫は「時価が下がった」だけでは損金にできません。「著しく陳腐化した」などの条件を満たすか、実際に廃棄することが必要です。

評価損が認められるケース・認められないケース

評価損とは、在庫の価値が大きく下がったときに、帳簿上の金額を下げて、その差額を損金にすることです。法人税では、評価損が認められる場面が限られています。

認められる主なケース	認められないケース
災害で商品が著しく傷んだ	単に物価が下がった、相場が変動した
季節商品の売れ残りで、今後は通常の価格では売れないことが過去の実績などから明らか	作りすぎた、仕入れすぎた（過剰在庫）
型式・性能・品質が大きく違う新製品が発売され、通常の価格では売れなくなった	「なんとなく売れそうにない」という見込みだけ
破損・型崩れ・たなざらしなどで、通常の価格では売れなくなった	証拠となる資料（値下げの実績、処分価格の見積もりなど）がない

廃棄損なら確実だが、証拠が必須

廃棄損とは、売れなくなった在庫を実際に捨てたときに、その仕入値分を損金にすることです。評価損より確実ですが、「本当に捨てたのか」を証明できなければ認められません。廃棄業者が発行する廃棄証明書（マニフェスト）、廃棄前と廃棄中の写真、廃棄した品名と数量の一覧を必ず残しておきましょう。

事務用品などの消耗品の扱い

事務用品、包装材料、広告用のチラシなどで、毎年ほぼ同じ量を買って普段から使っているものは、期末に残っていても、買ったときの経費にしたままで構いません。ただし、年末に大量にまとめ買いした場合は、使っていない分を「貯蔵品」として在庫に含める必要があります。

見落としがちな労務のポイント

年末の棚卸しを、休日や営業時間の後に社員やパートに行ってもらう会社も多いでしょう。この場合、所定の労働時間を超えた分は時間外労働として割増賃金が必要です。また、法律で決められた時間を超えて働いてもらうには、事前に労使協定（36協定）を結んで届け出ておかなければなりません。「年に一度の作業だから」と、手当を出さずに済ませるのは危険です。

税理士の実務視点 棚卸しは「税金を減らすための作業」ではなく、「本当のもうけを知るための作業」です。正しく数えた在庫は、仕入れの見直しや、売れない商品の早めの値下げ判断など、経営改善の材料にもなります。 特に、何年も同じ金額のまま計上されている在庫は要注意です。実際にはもう売れない商品が帳簿に残り、その分だけ利益が大きく見えて、税金を多く払っている可能性があります。

シミュレーション：棚卸しの違いで税金はいくら変わる？

結論から言うと、在庫100万円の数え漏れで約25万円の税金不足、売れ残り在庫の適切な処理で約45万円の税負担の軽減と、どちらも数十万円単位の差が生まれます。

前提条件

• 12月決算の小売業の会社（年商5,000万円）
• 期首の在庫400万円、今年の仕入れ3,000万円
• 本当の期末在庫は500万円（うち100万円は外部倉庫に保管）
• 店内には昨シーズンの冬物在庫（仕入値200万円）があり、処分価格は20万円程度
• 法人税等の実効税率は約25%と仮定した概算（延滞税は含めない）

項目	ケースA：正しく数えた	ケースB：倉庫分を数え漏れ	ケースC：冬物を評価損処理
売上	5,000万円	5,000万円	5,000万円
期末在庫	500万円	400万円	320万円（冬物を20万円で評価）
売上原価	2,900万円	3,000万円	3,080万円
売上総利益	2,100万円	2,000万円	1,920万円
ケースAとの税金の差	―	約25万円少ない（税金不足）	約45万円少ない（正しい処理による軽減）

ケースBは、税務調査で数え漏れが見つかると、不足していた約25万円に加えて、過少申告加算税（原則10%、約2.5万円）と延滞税がかかります。数え漏れた在庫は翌年の期首在庫も少なくなるため、翌年の利益が増えて結果的に税金は払うことになりますが、「本来の年に払っていなかった」ことへのペナルティは避けられません。

一方ケースCは、冬物が「今後は通常の価格で売れないことが明らか」であり、処分価格の見積もりや値下げの実績といった証拠をそろえれば、正しい処理として180万円の評価損を計上できます。実際に廃棄すれば、200万円全額が廃棄損になります。

【シミュレーションから分かること】 在庫の「数え漏れ」は税務調査でのペナルティにつながり、「売れ残りの放置」は払わなくてよい税金を払う原因になります。 どちらも、年末の棚卸しを正しい手順で行い、証拠を残すことで防ぐことができます。

よくある質問（FAQ）

Q. 棚卸しは、決算日当日に行わないといけませんか？

A. 決算日当日が理想ですが、難しい場合は前後の日に実施し、その間の入荷と出荷を加減して決算日時点の在庫を計算する方法もあります。その場合は、加減した記録も保存してください。

Q. サービス業で商品がない場合も、棚卸しは必要ですか？

A. 販売用の商品がなくても、作業途中の仕事にかかった費用（仕掛品）や、まとめ買いした消耗品（貯蔵品）があれば、在庫として計上が必要になることがあります。建設業やソフトウェア開発などは、特に仕掛品に注意しましょう。

Q. 在庫の評価方法を届け出たか覚えていません。

A. 届出をしていない場合は、最終仕入原価法で評価することになります。届出の有無は、税務署への提出書類の控えで確認できます。分からない場合は、顧問税理士に確認しましょう。

Q. 売れ残りを社員に安く売ったり、無料であげたりしてもよいですか？

A. 可能ですが、仕入値より大幅に安い価格や無料で渡すと、その差額が社員への給与として扱われる場合があります。社員販売の価格設定にも注意が必要です。

Q. 個人事業主で、在庫がほとんどない場合も棚卸しは必要ですか？

A. 必要です。在庫が少なくても、期末の在庫を計上しないと売上原価が正しく計算できません。青色申告の場合は、棚卸表の作成と保存も求められます。

まとめ：棚卸しは「正しく数えて、証拠を残す」

【3行まとめ】 1．期末の在庫が多いほど利益と税金が増えます。数え漏れは税務調査で指摘されやすいポイントです。 2．倉庫・外注先に預けた在庫、運送中の商品まで含めて数え、棚卸表の原本を保存しましょう。 3．売れ残り在庫は、条件と証拠がそろえば評価損・廃棄損として損金にできます。

棚卸しは、毎年の地道な作業だからこそ、自己流のままになりがちです。しかし、在庫の数字は、税金だけでなく、仕入れや値下げの判断など、経営の意思決定にも直結しています。

当事務所には、国税の調査実務を知る国税OBの税理士が在籍しており、調査官が棚卸しのどこを確認するのかを踏まえて、事前の点検や評価損・廃棄損の証拠づくりを支援しています。また、税理士と社会保険労務士が連携しているため、棚卸し作業の時間外労働の扱いまで、まとめてご相談いただけます。巡回監査で日ごろから在庫の動きを見ているからこそできる、決算前の対策もお任せください。くわしくは当事務所ホームページをご覧ください。

税務の判断は個々の状況によって異なります。自己判断で損をする前に、お気軽に当事務所へご相談ください。 「売れ残り在庫を処分したいけれど、どう処理すればよいか分からない」「棚卸しのやり方に自信がない」——決算日前のご相談が、最も効果を発揮します。初回のご相談はオンラインでも承っています。 ▶ ご相談・お問い合わせは当事務所ホームページから

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年末の棚卸しで税金はいくら変わる？在庫が利益と税金に与える仕組み、評価方法、正しい棚卸しの6ステップ、売れ残り在庫を評価損・廃棄損で損金にする条件を税理士が解説。数え漏れのシミュレーション付き。

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